La Terminal Marítima de San Miguel es operada directamente y se encuentra ubicada en el centro de la ciudad de Cozumel. Es un muelle tipo espigón de concreto armado, para el embarque y desembarque de pasajeros en tráfico de cabotaje básicamente entre Playa del Carmen y Cozumel con un promedio de embarque y desembarque de 6,000 pasajeros por día.

El muelle de esta terminal tiene un total de 195.95 m. de longitud y 32.01 m. de ancho. Cuenta con 56 defensas de llantas a lo largo del muelle y 29 bitas de acero en su exterior y de concreto en su interior. La profundidad a pie de muelle va de 2.5 m. en el arranque a 4 m en la cabecera (8 y 13 pies). Recibe embarcaciones hasta de 43 m. de eslora y 850 toneladas de registro bruto.

En la plataforma de desembarque se cuenta con un edificio de dos niveles con sala de espera para los pasajeros y oficinas administrativas. El puerto marítimo más cercano en comunicación es Playa del Carmen.  El recinto portuario de la Terminal Marítima de San Miguel cuenta con una superficie de 56,902 m2, que incluye: 1,858.25 m2 de tierra y 49,686.40 m2 de agua.